Die Schweizerische Vereinigung für Qualitäts- und Management-Systeme SQS bescheinigt mit dem Zertifikat QuaTheDA:2020, dass die Lilith über ein Management-System verfügt, welches den Anforderungen der normativen Grundlagen einer Therapeutischen Institution in den Tätigkeitsgebieten der Frauenspezifischen Suchthilfe, der Mutter-Kind Begleitung, der Ambulanten Beratung, Begleitung und Therapie und dem Begleiteten Arbeiten entsprechen.
Im Jahr 2021 wurde die Lilith erfolgreich bis ins Jahr 2024 rezertifiziert. Jährlich findet ein externes Audit durch die SQS statt.